Cray rappelle qu'actuellement, la plupart des supercalculateurs expulsent la chaleur dans l'air, celle-ci étant ensuite récupérée par un système d'air conditionné (CRAC, computer room air conditioner). Une méthode que le constructeur juge très peu efficace, puisque le CRAC peut parfois occuper davantage de place que l'ordinateur lui-même, et consommer autant d'électricité. D'autres technologies de refroidissement utilisent des circuits d'eau froide dans chaque armoire d'ordinateur, parfois jusqu'au milieu des serveurs lames.

La problématique de la maîtrise de l'énergie rencontrée par Cray est comparable à celle qui se pose dans tous les centres informatiques. Il est à noter que dans le Green 500, le constructeur est à la 111ème place. Ce classement, né du Top 500, organise les 500 supercalculateurs les plus puissants du monde selon le rapport performance/consommation énergétique (mesuré en Mflops par Watt). Le premier Cray du Green 500 affiche 126,42 Mflops/W contre 488 Mflops/W pour la machine IBM considérée comme la plus économe.

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